觉得有必要回答这个问题哈。

先抛开战斗机不谈（放最后），对于民用主流客机基本都是挂在机翼下面的Engine Pylons Under Wing。比如居家旅行必备的客机如A320，A330，A340，A380和波音737，747，777，787了。大家登机时看到的发动机都是这样挂在翅膀下面的。。
原因：
首先，这样可以抵消由于升力对机翼产生向上的力矩，从而达到力矩平衡。飞机之所以能起飞是由于快速前进的机翼受到空气对其向上的升力，而宽体机的机翼又很长（十几米到几十米），这就像一个巨大的杠杆，翅根表示压力很大，悬挂的发动机无疑可以抵消掉一部分的力矩。其次，我认为这样的重量分布也可以让飞机更加稳定。想想现代战斗机发动机大都是在机身内部，这样飞机可以各种打滚机动性能更好，反过来想，客机把发动机挂在两边，牺牲了机动性，但增加了稳定性。

第三，发动机尾置的设计变的少见可能和一起紧急迫降后的原因调查有关-。1991年，Scandinavian Airlines 751航班，当时的飞机是麦道MD-81. 由于机翼结的冰脱落后被吸入发动机导致两台发动机同时失效，飞行员不得不凭借高超的技术紧急迫降，所幸无重大伤亡。下图是出事前的飞机。第四，客机航油储存在机翼里，方便供油。

第五，发动机进气少受机翼和机身的干扰，从而有助达到发动机理想的效率。而且实际中发动机安装位置会靠前一点，防止发动机进气受到机翼前缘leading edge附近向上的气流影响。
第六，机翼本身可以帮忙阻挡一部分发动机的噪音到cabin。
第七，发动机在机翼下方更容易维护。感谢@王彦辉 。

但是！！并不是所有的飞机都适合把发动机挂在鸡翅下面的！

因为显而易见，它要求飞机的机翼高度相对于短舱直径要足够高，才能保证发动机和地面之间有足够的空间。以避免以下悲剧的发生。。。再比如，国内航班最常见的波音737，因为个子比较矮，CFM给提供的发动机又太大，为了让发动机不至于蹭到地面，于是短舱被设计如下馒头的形状。。于是，对于很多窄体飞机，当机翼高度不够时，就只能把发动机安装在尾部。其实发动机安装在机身尾部也是有好处的，可以减少地面外来物体对发动机的损害，而且当只有单发动机工作时，提供比较对称的推力减少偏航。当发动机部件失效，比如风扇叶片断裂，涡轮盘破裂飞出发生时不是正对着客舱，不容易伤到乘客。。
发动机放在尾部的不乏高帅富的代表商务机的典范，湾流Gulf Stream。最后回到战斗机。

由于战斗机Fighter 发动机使用低函道比的涡扇发动机（比较瘦的涡扇发动机），大部分战斗机的发动机其实不能说是装在尾部，可以理解为是安装在机身内部的。你能看到的只是前面的进气道和最后的尾喷管。这样做的好处很多，减少空气阻力，隐身，机动性好，帅气。。。

比如Top Gun中的Tomcat F-14，发动机是夹在翅膀根部的。F-16， F-22, F-35.。当然没忘也有攻击机A-10这货的存在，贴一张2011年在Royal Air Force Air Tatoo航展时拍到的A-10。
以上基本回答完毕。请指正。

参考：
1. http://airplanes-aircraft.knoji.com/engine-mount-designs-in-jet-aircraft-2/
2. http://en.wikipedia.org/wiki/Podded_engine
3. http://adg.stanford.edu/aa241/propulsion/engineplacement.html
4. http://en.wikipedia.org/wiki/Scandinavian_Airlines_Flight_751