先说结论：英语词汇 stone 和汉语普通话的「石头」并没有任何联系，二者在语音上的近似，纯粹只是一个巧合而已。

在展开讲这个问题以前，必须指出题主问题描述中存在的误区，题主认为，在汉语有「石头」这个词的三国时代，西方语言「还有没有形成都是个问题」，这实在是过于自大了。文化自信是好事，但是像题主这样认为西方语言在公元三世纪竟然都没有形成，未免显得有些太无知了。公元三世纪的时候，欧洲正值罗马帝国时代末期，罗马帝国的官方语言是拉丁语，其文学成就并不比同时期的汉语差多少。和汉语文言文一样，拉丁语也影响了整个欧洲长达千年的时光，直到十九世纪，英国的贵族学校还要讲授古典拉丁语语法，二战时的英国首相丘吉尔年轻时在学校就深受拉丁语课业的折磨。可见三世纪时的西方语言，并不见得比汉语落后多少。

不过，现代英语的 stone 一词，却并非是来自罗马时代的拉丁语，而是一个由盎格鲁 - 撒克逊人带到大不列颠的日耳曼语词汇。在古英语中，这个词汇的形式是 stān，而这个词又来自原始日耳曼语的「石头」*stainaz（可比较德语「石头」stein，荷兰语 steen），继续向上追究，原始日耳曼语的这个词是从原始印欧语的词根 *steyh?- （变硬）来的。

不难看出，英语的 stone，从词源上来说，一直都是一个密不可分的单一词根的产物，换言之是一个单一的词。而汉语的「石头」一词呢？——显然是由「石」这一实词和「头」这一后缀所组成的一个词，词根是「石」。至于题目中提到的三国时的「石头」一词，在六朝以前的文献中，几乎仅在作地名「石头山」、「石头城」时出现，很可能和今天的「石头」并不是同一个词，而是由实词「石」和「头」所组成的一个复合词组。若是如此，则今天的「石头」一词，出现的时间实际上要更晚，基本就不可能跟词源能一路追溯回原始印欧语的「stone」有任何关系了。

「石」在先秦时期的上古汉语中读 *dak，而「头」读 *do?，到了三国时期，「石」大概读 *d?iak，而「头」读 *du。如果对「石头」和 stone 最早的语音形式进行比较，上古汉语 *dak do? 显然和原始印欧语 *steyh?- 在语音和语义上都不能说接近，若只用上古汉语中最常见的相当于「stone」含义的「石」*dak 来进行比较，则差得更远了。

那么有没有可能是「石头」其实是在英语 stone 一词大规模传入以后才被使用的一种用法呢？也不可能，因为早在唐诗中，就有「高枕石头眠」这样的句子了。宋代的《朱子语类》中，亦有「有两物如两箇石头样」这样的句子。可见在唐宋时期的汉语中，「石头」已经是个相当常用的词汇了。「石头」一词能代替单音节的「石」，是由南北朝以后汉语词汇走向双音节化所导致的，就像是「斧头」代替了「斧」，「芋头」代替了「芋」。

因此，「石头」和 stone 的相似，只是不同的语言演变进程中，它们恰好演变成了语音语义接近的形式罢了。本身只是一种语言史上的巧合。