宝可梦有粪便吗？
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（多图预警～）
勉强回答一下：
宝可梦肯定是有粪便的，这一点多次在 Pokemon 主系列游戏中的图鉴信息中出现，不只是一种宝可梦，而且目前在 Pokemon 世界中也有“粪便化石”出土，意味着“排泄行为”是宝可梦很早之前便演化出来的，我们有理由推测，粪便应该是 Pokemon 世界中普遍存在的。
先说游戏，再说动画和漫画中的内容：
图鉴中提及的“粪便”相关信息：五世代 - 火红不倒翁
Pokemon 主系列游戏中，至少在五世代（正作《黑 / 白》）之后的图鉴“火红不倒翁”的条目中，记载了关于它的“粪便”相关内容，如上图和下图所示，由于五世代没有官方中文，基本都是日文和英文记载，翻译一下：
- 五世代正作《宝可梦：白》中，描述是：
火红不倒翁的粪便是热的，因此过去的人们会放入怀中取暖。
- 六世代正作《宝可梦：X》中，描述一样：
火红不倒翁的粪便是热的，因此过去的人们会放入怀中取暖。
- 六世代重制版《宝可梦：欧米伽红宝石》中，描述一样：
火红不倒翁的粪便是热的，因此过去的人们会放入怀中取暖。
可以看出，至少火红不倒翁的“粪便”一直存在，而且是过去的人“取暖工具”（然而把这些玩意儿放在怀里取暖，我还是觉得有点……）无论用途和方式如何，粪便确实是客观存在的，而且温度很高（似乎比热也不低就是了）……
图鉴中提及的“粪便”相关信息：七世代 - 爆焰龟兽
同理，七世代游戏之后，爆焰龟兽的图鉴条目中，一直也都有关于“粪便”相关的描述，这个时候已经有官方中文了，大致描述如下：
- 七世代正作《宝可梦：月亮》中，描述如下：
从鼻孔里喷出火焰和毒瓦斯。粪便是爆炸物，有各式各样的用途。
- 八世代正作《宝可梦：盾》中，描述如下：
在火山上生活，吃下的硫磺就是甲壳上炸药的原料。连粪便也会爆炸，十分危险。
两者描述上差别不大，核心都是说爆焰龟兽的粪便很“危险”，是爆炸物，说明粪便本身是客观存在的，就是粪便的利弊上还有讨论的空间……
图鉴中提及的“粪便”相关信息：七世代 - 地鼠
七世代增加许多生态上的描述，除了爆焰龟兽之外，还有地鼠，图鉴描述中也有关于“粪便”相关内容：
- 七世代正作《宝可梦：月亮》中，对地鼠的粪便描述如下：
地鼠会疏松栖息的土地，其粪便也会让土壤肥沃，所以很多农户会精心培育它们。
地鼠的“下半身”一直都是一个“谜”，但是“粪便”应该是比较常见的，而且可以用作肥料，简直是松土和施肥一条龙服务……
Pokemon 世界的“宝可梦粪便化石”
宝可梦的“排泄行为”可以用“自古以来”这个词来形容，至少很早的时候，宝可梦应该已经“演化”出排泄这个功能了，而且粪便的形状，我们可以通过出土的化石中看到，其实形状上与一般的动物粪便也没有太大差异……
在“大峡谷”中，小茂曾经挖出过一个化石，经过专家鉴定，这就是宝可梦的粪便化石，至少很早之前，宝可梦的粪便就一直存在了……
宝可梦漫画中的“粪便”：《特别篇》&《皮皮传》
虽然，Pokemon 漫画属于“内容授权”形式，而且因为创作自由度高，所以不太适合用于世界观设定。然而，实际上，在“宝可梦有无粪便”情况中，两个最“长寿”的漫画均采取了与官方游戏、官方动画设定一致的情况：
《特别篇》中，莎菲雅就会通过宝可梦的“排泄物”的味道，判断宝可梦是否生病，以及身体情况如何，漫画中有充分的表现……
而《皮皮传》（一译为《宝可梦：欢乐祭》），以“屎尿屁”梗和无厘头搞笑充斥全篇，主角皮卡丘和皮皮“活宝二人组”，一直都是“排泄王”，可以参见以下回答：
疯癫的 A 兵者：【宝可梦黑历史】宝可梦欢乐祭：第一部 Pokemon 漫画竟是下流漫画
所以，综上所述，可以看出宝可梦的粪便一直存在。而且不同媒体产品都“认可”（至少不排斥）这个设定，十分可贵，基本可以定论，宝可梦的排泄行为，一直都有，只是很多时候，不“正面描写”这些内容罢了。
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